MSE Master's of Science and Engineering program
在生物医学工程系的硕士课程是专为愿意在研究和发展，学术或是医药领域追求事业发展的学生而开设。MSE项目要在两年内完成，要求完成课程学习24学分和一篇论文。
学生会在传统的工程学科接受理论指导，也会了解专业化的生物医学工程课题(包括生物医学仪器，系统生理学，生物传感器，生物材料，生物力学和生物医学成像)，并且参与到研究项目中。
申请要求：
申请者要求完成大学物理，化学，数学和生物课程。本科要求为工程学位，特别出色的基础科学背景学生也可能会考虑，不过一旦录取，需要学习相当数量的工程方面课程。
该项目只提供秋季申请。申请截止日期为每年的12月31日(与大学的其他项目不同)，此日期之前申请材料必须提供完整。
已经在约翰霍普金斯大学生物医学工程系就读的本科生可以在自己的大三选择申请五年联合BS/ MSE项目。学校录取委员会考察学生本科学习成绩，推荐信，GRE成绩(必须提交)，和学生追求研究生学习的动因。平均GPA是3.7或者更高。最好要有科研经验。
MSE CBID Master of Science Bioengineering Innovation & Design
生物工程创新设计中心( Center for Bioengineering Innovation and Design ，CBID)能够让学生完全沉浸于在生物医学工程设计里，为学生提供机会设计，开发，建设，测试生物医学仪器设备，以解决当今临床最紧迫的问题。
生物工程创新设计方面的工程硕士学位项目是一个非研究型研究生项目(non-research)，学制为一年。项目专注于生物医学仪器设计以及技术商业化，学生可以与约翰霍普金斯医学院的医生密切合作，第一时间识别问题,再设计和制造的产品来解决这些问题。
此外，生物工程创新设计中心(CBID)还向本科生提供了BME设计团队项目，使得本科生能够参与典型的设计过程中，同研究生一起共同为新仪器设备提出新想法，开发原型，研究知识产权，写商业计划，并向其他学生，教师和外部顾问展示设计成果。
PHD项目
生物医学工程的PhD项目大约需要4-7年，项目重点在原创性研究，最后完成博士论文。学生将学习生物学实验技术。教师的研究领域包括细胞和组织工程，计算生物学，医学影像，分子神经心血管系统，神经科学和神经工程学。
MD PHD项目
MD PHD项目比博士学位更艰巨，但对于医院系统和医疗保健方面的临床研究和应用感兴趣的学生具有明显优势。尽管正常情况下对于MD，PhD要求至少7年，如果合理计划安排的话，该项目可以6年完成
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